小笠原豆锹主要分布于日本小笠原群岛（小笠原岛、父岛和硫磺岛等），是豆锹属体型最大的物种，但雄虫最大纪录体长仍仅有20mm左右，目前已经被列为濒危物种，属于日本保育物种。

小笠原豆锹主要有两个亚种，原名亚种和婿岛亚种，前者产地为日本小笠原岛、父岛等，IUCN等级为近危 Near Threatened（NT）；后者主要分布于小笠原群岛的婿岛列岛，濒危等级为极危 Critically Endangered（CR）。

原名亚种(Figulus boninensis):雄虫大颚较大，眼缘整体呈角突状，雌虫大颚相对较小，眼缘较圆润无明显角突，前胸背板前方宽幅不大；

婿岛亚种(Figulus boninensis karubei):雄虫眼缘更突出，前胸背板前角有明显的小角呈现，鞘翅体色偏黑色。